Ο Εμμανουήλ Κριαράς γεννήθηκε στις 28 Νοεμβρίου του 1906 στον Πειραιά από οικογένεια κρητικής καταγωγής, ενώ τα πρώτα παιδικά του χρόνια έζησε στη Μήλο.
Το 1914 με την οικογένειά του εγκαταστάθηκε στα Χανιά της Κρήτης, όπου και τελείωσε τις γυμνασιακές του σπουδές. Το 1924 ξεκίνησε τις σπουδές του στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, από την οποία αποφοίτησε το 1929. Από το 1930 έως το 1950 εργάστηκε στο Μεσαιωνικό Αρχείο της Ακαδημίας Αθηνών, αρχικά ως συνεργάτης και από το 1939 ως διευθυντής.
Παράλληλα με την εργασία του στο Μεσαιωνικό Αρχείο συνέχισε τις σπουδές του και το 1930 μετέβη στο Μόναχο με υποτροφία της Ακαδημίας Αθηνών για να ενημερωθεί σε θεωρητικά και τεχνικά ζητήματα της λεξικογραφίας στο περιβάλλον του Thesaurus Linguae Latinae.
Το 1938-1939 και το 1945-1948, ως διδάκτορας πλέον, φεύγει για μετεκπαίδευση στο Παρίσι, την πρώτη φορά στη βυζαντινολογία και τη δεύτερη στη συγκριτική γραμματολογία.
Πήρε το διδακτορικό του δίπλωμα το 1938 από το Πανεπιστήμιο Αθηνών, με τη διατριβή Μελετήματα περί τας πηγάς του Ερωτοκρίτου.
Το 1948 ήταν υποψήφιος για την έδρα της νέας ελληνικής φιλολογίας στην Φιλοσοφική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, την οποία όμως κατέλαβε ο Λίνος Πολίτης. Δύο χρόνια αργότερα, εκλέχτηκε στην θέση του τακτικού καθηγητή της μεσαιωνικής ελληνικής φιλολογίας στο ίδιο Πανεπιστήμιο.
Στην Θεσσαλονίκη δίδαξε κυρίως μεσαιωνική φιλολογία, εκτάκτως μεσαιωνική ελληνική ιστορία, νεοελληνική φιλολογία, αλλά και γενική και συγκριτική γραμματολογία, αφού χάρη στις δικές του ενέργειες ιδρύθηκε (το 1965) η πρώτη -και για πολλά χρόνια μοναδική στην Ελλάδα- έκτακτη αυτοτελής έδρα της Γενικής και Συγκριτικής Γραμματολογίας.
Το διδακτικό έργο του Εμμανουήλ Κριαρά διακόπηκε βίαια τον Ιανουάριο του 1968, όταν η Χούντα των Συνταγματαρχών αποφάσισε να τον απολύσει για τα δημοκρατικά του φρονήματα. Η απόλυσή του από το Πανεπιστήμιο τον έστρεψε με μεγαλύτερη αποφασιστικότητα στη σύνταξη του '«Λεξικού της μεσαιωνικής ελληνικής δημώδους γραμματείας (1100-1669)».
Η σύζυγός του, καθηγήτρια της ψυχοτεχνικής στη Βιομηχανική Σχολή της Θεσσαλονίκης (σημερινό Πανεπιστήμιο Μακεδονίας), Αικατερίνη Στριφτού-Κριαρά, με την οποία είχε παντρευτεί το 1936, απεβίωσε την 1η Μαΐου του 2000.
