Ο Μιχάλης Τζουγανάκης γεννήθηκε στην πόλη Beringen, στο Βέλγιο. Η συναναστροφή του ως παιδί, με Βέλγους, Τούρκους, Έλληνες, Μαροκινούς, Πολωνούς, Αιγύπτιους και Ιταλούς ήταν καθοριστική για τη διαμόρφωση της προσωπικότητας του: η διαφορετικότητα του καθενός, το ιδιαίτερο χρώμα κι άρωμα της πατρίδας εκφρασμένο μέσα από τις καθημερινές συνήθειες, την εκφορά του λόγου, τις μουσικές καταβολές …εντυπώσεις ανεξίτηλες στη ψυχή και το νου του μικρού Μιχάλη. Όμως κι αυτός κουβαλούσε μέσα του ένα ολόκληρο νησί, την Κρήτη, κι είχε δίπλα του επτά αδέλφια και δύο γονείς να του το θυμίζουν, ανατρέφοντας τον.
Δύο χρονών, πήρε στα χέρια του το λαγούτο του αδελφού του, κι από τότε, λες και δεν τ´ άφησε ποτέ ! Γονατιστός και στηρίζοντας το με το πηγούνι του, το λαγούτο έγινε το αγαπημένο του παιχνίδι. Μαγεμένος από τον ήχο που κατάφερνε να βγάζει γρατζουνώντας τις χορδές ώρες ατέλειωτες, ευφυής, επίμονος και υπομονετικός, στα τέσσερα του χρόνια ήταν πλέον σε θέση να παίζει και να τραγουδά διασκεδάζοντας τους έκπληκτους “θεατές” του !
Επαναπατρισμός στα Χανιά κι ο Μιχάλης εννιά χρονών. Σχολείο, μουσική, παραδοσιακοί χοροί και τραγούδια! Ο Μιχάλης ανεβαίνει στη σκηνή συμμετέχοντας σε μουσικές εκδηλώσεις της πόλης. Ξεχωρίζει, τον αποκαλούν “παιδί- θαύμα” και η πορεία είναι πια σαφής. Δέκα, έντεκα χρονών γνωρίζει και συνεργάζεται επαγγελματικά με μεγάλους μουσικούς της Κρήτης. Μπαίνει για πρώτη φορά στο στούντιο και ηχογραφεί σε ηλικία 13 χρονών.
Σε ´κείνη την ηλικία τον ανακαλύπτει ο μεγάλος λυράρης, Λεωνίδας Κλάδος. Αργότερα ηχογραφούν τραγούδια σε μουσική Λεωνίδα Κλάδου και στίχους δικούς του. Ο Μιχάλης έχει την τύχη να βρίσκεται πέντε χρόνια δίπλα στον σπουδαίο λυράρη, κάνοντας εμφανίσεις σε Κρήτη και Αθήνα, αποκομίζοντας έτσι μια τεράστια εμπειρία.
Ένας άλλος σπουδαίος λυράρης, ο Κώστας Μουντάκης, αναγνωρίζει το σπάνιο ταλέντο του Μιχάλη και επιθυμεί να συνεργαστούν. Έτσι, παράλληλα με την προσωπική του πορεία, είναι συχνές και οι μουσικές συναντήσεις του με τον Κώστα Μουντάκη. Το 1990 ηχογραφούν μαζί στο Πανεπιστήμιο της Κρήτης. Είναι η τελευταία ηχογράφηση του μεγάλου λυράρη.
Η μουσική εξέλιξη του Μιχάλη είναι διαρκής. Από τα δεκαπέντε του και μετά, παράλληλα με τις εμφανίσεις, μελετάει και άλλα μουσικά όργανα: ούτι, σάζι, μπουλγαρί, μαντολίνο, τσουμπούς, λύρα. Στα δεκαεφτά, και για δύο χρόνια, παρακολουθεί μαθήματα φωνητικής.
Ανήσυχος και ευρηματικός, στα δεκαοχτώ του, έχει τη δική του μπάντα: λαγούτο, λύρα, κρουστά, κιθάρα, κοντραμπάσο και βιολί. Ταξιδεύει στην Ελλάδα, την Αμερική, τον Καναδά, την Γερμανία δίνοντας συναυλίες. Στο εξωτερικό συνεργάζεται και με ξένα συγκροτήματα.
Το 1993 κυκλοφορεί από την ΜΙΝΩΣ-ΕΜΙ, η δισκογραφική δουλειά του Μιχάλη, με τίτλο “Αχτίδες” όπου και το τραγούδι του “Πάλι-Πάλι” που συμπεριέλαβε ο Μανόλης Λιδάκης στο “Ήλιο του Γενάρη” , το 1997, καθώς και σε ζωντανές ηχογραφήσεις του.
Το 1997 γνωρίζει τον . Ο μεγάλος σταθμός στη μουσική του παιδεία και όχι μόνο, αφού έμεινε επτά χρόνια κοντά σε έναν συνθέτη με τόσο μεγάλο έργο και τόσο μεγάλη πείρα. Εμπνευσμένος από την φωνή και την ερμηνεία του Μιχάλη, ο Νίκος Μαμαγκάκης συνθέτει “Τα τραγούδια της παλιάς πόλης” σε ποίηση του ποιητή Γιώργου Καλομενόπουλου. Αυτή η δισκογραφική δουλειά σφραγίζει την φιλία τους. Ο Μιχάλης έχει συμμετάσχει στη διασκευή και επανέκδοση του έργου του μεγάλου συνθέτη ως τραγουδιστής και ως σολίστας του λαγούτου. Έχει επίσης συμμετάσχει μαζί με τον Μ. Θεοδωράκη, τον Ευγ. Σπαθάρη, τον Π. Λάλεζα στο έργο που συνέθεσε ο Νίκος Μαμαγκάκης για τον Μακρυγιάννη.
Ο Μιχάλης Τζουγανάκης έχει επιφέρει σημαντικές αλλαγές στο Κρητικό παραδοσιακό τραγούδι, τόσο με την ερμηνεία του όσο και με τους σύγχρονους ήχους. Χωρίς να αλλοιώνει το παραδοσιακό στοιχείο, το εμπλουτίζει και του προσδίδει μια αλλιώτικη μουσική διάσταση.